Omeprazol es un fármaco muy usado para el reflujo, la acidez y la gastritis, pero su empleo durante meses o años puede cambiar el ambiente del estómago. Esa reducción del ácido gástrico influye en la absorción de nutrientes y puede afectar sobre todo a la vitamina B12, el magnesio y, en algunos casos, al hierro o al calcio.
¿Por qué el omeprazol puede alterar la absorción de nutrientes?
Omeprazol actúa disminuyendo la producción de ácido en el estómago. Eso ayuda a aliviar síntomas digestivos, pero también puede dificultar la liberación o solubilización de algunos micronutrientes presentes en los alimentos. No significa que todas las personas vayan a desarrollar un déficit, aunque el riesgo aumenta cuando el tratamiento es prolongado, hay dosis altas o existen otros problemas digestivos.
La absorción de nutrientes depende de varios pasos, digestión, acidez, transporte intestinal y reservas corporales. Cuando el pH gástrico cambia de forma mantenida, ciertos nutrientes se absorben peor o tardan más en aprovecharse. Esto se ve con más claridad en la vitamina B12 unida a proteínas de los alimentos y en minerales como el magnesio.
¿Qué mostró la investigación reciente sobre vitamina B12 y magnesio?
Una investigación publicada en 2025 siguió durante 12 meses a personas tratadas con inhibidores de la bomba de protones y observó niveles más bajos de magnesio, calcio y vitamina B12 en quienes usaban omeprazol de forma continuada. El hallazgo refuerza la idea de que el uso mantenido puede modificar el equilibrio de micronutrientes, sobre todo si ya existe una dieta limitada, edad avanzada o medicación asociada. Puedes leer el estudio sobre niveles más bajos de magnesio, calcio y vitamina B12 con omeprazol prolongado.
Otra revisión de 2023 apuntó en la misma línea al observar mayor probabilidad de déficit de vitamina B12 en usuarios de estos fármacos frente a no usuarios. No implica una carencia automática, pero sí una señal para revisar síntomas, analíticas y tiempo real de tratamiento.

¿Qué nutrientes son los más vigilados durante un uso prolongado?
Los nutrientes que más suelen controlarse cuando el omeprazol se usa durante mucho tiempo son estos:
- Vitamina B12, relacionada con fatiga, hormigueo, memoria y formación de glóbulos rojos.
- Magnesio, importante para función muscular, ritmo cardíaco y sistema nervioso.
- Hierro, cuya baja disponibilidad puede favorecer anemia ferropénica.
- Calcio, relevante para masa ósea, sobre todo en personas mayores.
Omeprazol no bloquea igual todos los nutrientes ni en todas las personas. En los efectos del omeprazol a largo plazo se explica por qué conviene revisar la necesidad del tratamiento, la dosis y el tiempo de uso antes de mantenerlo de forma indefinida.
¿Cómo puede notarse una bajada de vitamina B12 o magnesio?
Vitamina B12 baja puede manifestarse con cansancio, debilidad, palidez, lengua dolorida, fallos de memoria o sensación de hormigueo en manos y pies. Si el descenso se mantiene, también puede afectar a la producción de glóbulos rojos y dar lugar a anemia.
Magnesio bajo puede dar calambres, temblores, debilidad, náuseas o palpitaciones. En casos más marcados, el desequilibrio puede alterar la función muscular y eléctrica del corazón. Estos síntomas no son exclusivos del omeprazol, por eso hace falta valorar el contexto clínico y, si procede, confirmar con análisis.
¿Quién tiene más riesgo de mala absorción con omeprazol?
No todas las personas que toman este medicamento necesitan controles frecuentes, pero sí hay perfiles en los que merece más atención:
- Personas mayores, por menor reserva de B12 y más medicación asociada.
- Quienes toman omeprazol durante varios meses o años.
- Pacientes con dieta muy restrictiva o baja ingesta de proteína animal.
- Personas con enfermedad intestinal, cirugía digestiva o anemia previa.
- Quienes usan otros fármacos que también pueden afectar al magnesio o a la vitamina B12.
La combinación de tratamiento prolongado, síntomas compatibles y antecedentes digestivos es la que más orienta a revisar la absorción de nutrientes. En ese escenario, un profesional puede decidir si basta con ajustar hábitos, pedir analítica o replantear la pauta.
¿Conviene suspenderlo o hacer controles?
Omeprazol sigue siendo útil cuando está bien indicado, por ejemplo en reflujo gastroesofágico, úlcera o protección gástrica en situaciones concretas. El problema aparece cuando se mantiene sin revisar la causa, la dosis o la duración. En esos casos puede ser razonable controlar vitamina B12, magnesio y otros parámetros si hay síntomas, factores de riesgo o uso continuado.
La mejor estrategia suele ser individualizar. A veces basta con usar la dosis mínima eficaz o limitar el tiempo de tratamiento. Otras veces conviene estudiar anemia, calambres, fatiga, parestesias o cambios neuromusculares para detectar si el estómago, el intestino y las reservas del organismo ya están notando ese efecto sobre los micronutrientes.
Este contenido tiene carácter informativo y no sustituye la evaluación, el diagnóstico ni el seguimiento de un profesional sanitario. Si tienes síntomas, tomas omeprazol desde hace tiempo o dudas sobre tu tratamiento, busca atención médica.









