Flore intestinale: rôles, bienfaits (et comment la restaurer)

La flore intestinale est l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans le tube digestif. Elle participe notamment à la digestion et au métabolisme des aliments, à la production de certaines vitamines et à la régulation du système immunitaire.

Techniquement appelée microbiote intestinal, la flore intestinale commence à se former dès la naissance et évolue en fonction de l’alimentation, de la prise de médicaments, de la génétique et du mode de vie de chaque personne.

En cas de déséquilibre de la flore intestinale, le médecin ou le diététicien-nutritionniste peut recommander des probiotiques ou d’autres compléments, ainsi que des changements dans l’alimentation et le mode de vie. Dans certaines situations précises, une transplantation de microbiote fécal peut être envisagée.

Comment restaurer la flore intestinale

Certaines mesures peuvent aider à restaurer et à maintenir l’équilibre de la flore intestinale:

1. Probiotiques

Pour restaurer la flore intestinale, l’utilisation de probiotiques peut être recommandée dans certaines situations.

Les probiotiques sont disponibles sous forme de gélules, de liquides ou de sachets et contiennent des micro-organismes vivants, comme des Lactobacillus, des Bifidobacterium, Bacillus clausii (O/C, SIN, N/R et T) ou Saccharomyces boulardii.

Il existe également des prébiotiques, qui sont des fibres et des glucides complexes non digestibles, comme l’inuline et les FOS. Ils servent de substrat aux bactéries bénéfiques présentes dans l’intestin.

Les symbiotiques sont des produits qui associent des probiotiques et des prébiotiques afin de combiner leurs effets.

Les postbiotiques sont des préparations contenant des micro-organismes inactivés, leurs métabolites ou d’autres composants bioactifs.

Il existe différents types de probiotiques pour la flore intestinale. Il est donc conseillé de demander l’avis d’un gastro-entérologue, d’un médecin ou d’un diététicien-nutritionniste afin de choisir le produit le plus adapté à l’objectif recherché.

2. Alimentation saine et variée

Une alimentation équilibrée constitue l’une des principales mesures permettant de favoriser une flore intestinale saine.

Il est recommandé de:

• Augmenter la consommation de fibres en privilégiant les fruits, les légumes, les légumineuses, les graines, les céréales complètes et les fruits à coque, qui fournissent des substrats aux bactéries bénéfiques. Découvrez davantage d'aliments riches en fibres;
• Avoir une alimentation variée, notamment en consommant différents légumes et fruits, afin de favoriser la diversité du microbiote intestinal;
• Inclure des aliments prébiotiques, comme l’ail, l’oignon, le poireau et l’avoine, qui servent de substrat aux bactéries bénéfiques;
• Consommer des aliments fermentés, comme le yaourt nature contenant des ferments vivants, le kéfir, la choucroute, le kombucha ou le tempeh;
• Consommer des aliments riches en polyphénols, tels que les fruits rouges, le café, le thé vert, le cacao et les épices;
• Boire suffisamment d’eau afin de favoriser le bon fonctionnement intestinal.

Pour restaurer la flore intestinale, il est également important de limiter la consommation d’aliments ultratransformés, de sucre raffiné, de charcuteries, d’aliments riches en graisses saturées et de repas de type fast-food.

Une consommation excessive de ces aliments peut favoriser des modifications du microbiote associées à l’inflammation et altérer la barrière intestinale.

3. Adopter un mode de vie sain

Un mode de vie sain contribue au maintien de l’équilibre de la flore intestinale.

Il est notamment recommandé de prendre des antibiotiques uniquement lorsqu’ils sont indiqués par un médecin, de pratiquer régulièrement une activité physique, d’éviter le tabac et la consommation excessive d’alcool, de mieux gérer le stress et d’avoir un sommeil de bonne qualité.

4. Transplantation de microbiote fécal

La transplantation de microbiote fécal est un traitement destiné à restaurer l’équilibre du microbiote intestinal. Elle peut être indiquée par un médecin dans certaines infections intestinales à Clostridioides difficile.

Cette technique consiste à transférer le microbiote intestinal provenant d’un donneur sélectionné afin de remplacer un microbiote fortement déséquilibré.

Comment restaurer la flore intestinale en cas de diarrhée?

En cas de diarrhée, il est important de boire suffisamment de liquides, notamment de l’eau et, lorsque cela est nécessaire, une solution de réhydratation orale.

Dans certaines situations, des probiotiques contenant notamment Lactobacillus reuteri, Bacillus clausii (O/C, SIN, N/R et T), Lactobacillus rhamnosus ou Lactobacillus casei peuvent être recommandés par un professionnel de santé.

Le médecin peut également prescrire ou conseiller des médicaments comme le lopéramide ou le racécadotril selon la cause de la diarrhée, l’âge et l’état de santé de la personne.

Compléments alimentaires pour la flore intestinale 

Les compléments alimentaires pour la flore intestinale sont principalement des produits contenant des probiotiques, des prébiotiques ou une association des deux. Ils peuvent être utilisés dans certaines situations pour favoriser l'équilibre du microbiote intestinal, notamment après une perturbation liée à la prise d'antibiotiques.

Les probiotiques contiennent des micro-organismes vivants, tandis que les prébiotiques sont des substances, notamment certaines fibres, qui favorisent le développement des bactéries bénéfiques présentes dans l'intestin.

Cependant, leur efficacité varie selon les souches utilisées et les besoins de chaque personne. Il est donc conseillé de demander l'avis d'un médecin ou d'un pharmacien avant de prendre un complément alimentaire destiné à la flore intestinale.

Chez l’enfant

Chez le nourrisson et l'enfant, l'équilibre de la flore intestinale peut être favorisé naturellement par l'allaitement et, lors de la diversification alimentaire, par la consommation de fruits, de légumes, de légumineuses, d'avoine et de céréales complètes adaptés à l'âge.

Dans certaines situations, notamment en cas de diarrhée infectieuse ou liée à la prise d'antibiotiques, le médecin peut recommander des probiotiques contenant des micro-organismes comme Lactobacillus, Bacillus clausii ou Saccharomyces boulardii.

Toutefois, les probiotiques ne doivent pas être administrés systématiquement aux enfants.

Un avis médical est particulièrement important chez les nourrissons prématurés et les enfants gravement malades, car ces produits peuvent entraîner des complications dans certaines situations.

Fonctions de la flore intestinale

La flore intestinale remplit plusieurs fonctions dans l’organisme:

• Participer à la digestion en permettant la fermentation des fibres et de certains glucides complexes qui ne sont pas digérés par l’organisme;
• Produire des acides gras à chaîne courte, comme le butyrate et le propionate, qui fournissent de l’énergie aux cellules du côlon et participent à la régulation de l’inflammation;
• Intervenir dans le métabolisme, notamment dans la transformation des acides biliaires, le métabolisme des protéines et la régulation du glucose;
• Participer à la production de certaines vitamines, notamment des vitamines du groupe B et de la vitamine K;
• Contribuer au fonctionnement du système immunitaire en limitant l’installation et la prolifération de certains micro-organismes potentiellement pathogènes.

La flore intestinale intervient également dans des voies impliquées dans la production ou le métabolisme de neurotransmetteurs comme la sérotonine, la dopamine et l’acide gamma-aminobutyrique (GABA), ce qui pourrait participer aux interactions entre l’intestin et le cerveau.

Flore intestinale de l’enfant

La flore intestinale de l’enfant commence à se former autour de la naissance et évolue ensuite sous l’influence de plusieurs facteurs, notamment l’allaitement et la diversification alimentaire.

Le microbiote intestinal participe au développement du système immunitaire du bébé et de l’enfant et à sa capacité à différencier les micro-organismes potentiellement pathogènes de ceux qui sont inoffensifs.

Les enfants nés par voie vaginale sont notamment exposés à des micro-organismes provenant des microbiotes intestinal et vaginal maternels, dont des bactéries appartenant aux genres Bacteroides et Lactobacillus.

Chez les bébés nés par césarienne, les premières populations microbiennes peuvent davantage inclure des micro-organismes provenant de la peau maternelle et de l’environnement hospitalier, notamment des Staphylococcus, Streptococcus, Klebsiella et Veillonella.

Qu’est-ce qui peut déséquilibrer la flore intestinale?

Plusieurs facteurs peuvent modifier l’équilibre de la flore intestinale:

• Utilisation répétée ou prolongée d’antibiotiques, qui peut également réduire certaines bactéries bénéfiques;
• Alimentation riche en sucre, en graisses saturées et en aliments ultratransformés;
• Utilisation fréquente de certains médicaments, notamment certains traitements réduisant l’acidité gastrique, laxatifs, anti-inflammatoires ou immunosuppresseurs;
• Alimentation pauvre en fibres, qui réduit les substrats disponibles pour certaines bactéries intestinales et peut diminuer la production d’acides gras à chaîne courte;
• Stress chronique et le manque de sommeil, qui peuvent modifier la composition et la diversité du microbiote;
• Consommation fréquente d’alcool et le tabagisme;
• Vieillissement, qui s’accompagne de modifications naturelles de la composition du microbiote intestinal;
• Certaines maladies intestinales ou chroniques, comme la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, le syndrome de l’intestin irritable, l’obésité ou le diabète, qui peuvent être associés à une dysbiose.

Lorsque la flore intestinale est déséquilibrée, ce que l’on appelle une dysbiose, des symptômes tels qu’un excès de gaz, des ballonnements, une diarrhée ou une constipation peuvent apparaître.